Pada tahun 1956, bersama dengan pasukan Inggris dan Prancis, Israel menyerbu Mesir setelah Mesir menasionalisasi Terusan Suez. Ben Gurion mengundurkan diri dari jabatannya pada tahun 1963 dan pensiun dari kehidupan politik pada tahun 1970.
Setelah pensiun, Ben Gurion pindah ke Sde Boker, sebuah kibbutz di Gurun Negev, di mana ia tinggal sampai kematiannya.
David Ben Gurion meninggal karena pendarahan otak yang dialami dua pekan sebelum kematiannya. Jenazahnya ditempatkan di halaman Parlemen Israel, Knesset, Yerusalem, di mana ribuan orang datang untuk memberikan penghormatan terakhir kepada Ben-Gurion.
Sebagai tanda duka, bendera dikibarkan setengah tiang, dan seluruh tempat hiburan ditutup. Proses pemakaman dihadiri oleh kerabat dan rekan dekatnya, yang mengiringi peti jenazah Ben-Gurion ke Sdeh Boker, sebuah kibbutz di Negev tempat ia tinggal selama dua dekade. Ia diakui sebagai salah satu dari 100 orang paling penting abad ke-20 versi majalah Times.