Setelah datangnya musim dingin, kapal Magellan terpaksa menunggu selama berbulan-bulan di tempat yang sekarang disebut Argentina.
Di sinilah akhirnya kru Magellan memberontak. Satu kapal karam, dan kapal lainnya membatalkan ekspedisi dan kembali ke Spanyol. Sang kapten berjuang untuk mendapatkan kembali kendali atas anak buahnya dengan memerintahkan beberapa pemberontak untuk dipenggal.
Pelayaran pun kembali dilanjutkan setelah drama pemberontakan berakhir. Kali ini, Magellan berhasil melewati jalur berbahaya yang kini dinamai menurut namanya, yaitu Selat Magellan. Namun, masalah lain muncul saat kru berlayar melintasi Samudra Pasifik.
Stok makanan ternyata telah rusak dan tidak bisa dimakan, sehingga mereka dilanda kelaparan. Situasi semakin diperparah dengan munculnya penyakit kudis yang menyebabkan banyak kru Magellan meninggal dunia.
Meski dalam kondisi kelaparan, pelayaran tetap berlanjut. Magellan akhirnya mendarat di wilayah yang kemungkinan besar adalah Guam.
Di sana, mereka membunuh penduduk asli dan membakar rumah mereka sebagai balasan atas pencurian perahu kecil. Setelah penyeberangan Pasifik yang melelahkan, akhirnya mereka mencapai Filipina.
Magellan dengan cepat mengklaim Filipina atas nama Spanyol, tetapi keterlibatannya dalam apa yang disebut "perang yang tidak perlu" justru menjadi kehancurannya.
Magellan terlibat konflik dengan Lapu-Lapu, kepala suku setempat yang menolak tunduk kepada kekuasaan Spanyol. Magellan memimpin pasukan kecil untuk menyerang, namun mereka kalah jumlah dan tidak familiar dengan medan perang setempat.
Di sinilah perjalanan panjang Ferdinand Magellan dalam mencari rute baru akhirnya berakhir. Magellan terbunuh oleh panah beracun saat menyerang penduduk Lapu-Lapu pada tanggal 27 April 1521, dan jasadnya ditinggalkan begitu saja di tempat kejadian. Mungkin ini adalah wujud balas dendam krunya terhadap Magellan yang memang dari awal tidak mereka sukai.
BACA JUGA:10 Kota Hantu Tanpa Penghuni, Terpopuler di Dunia
Meninggalnya kapten tentu membuat ekspedisi berada dalam keadaan kacau, menyisakan dua kapal, yaitu Trinidad dan Victoria.
Juan Sebastián Elcano Mengambil Alih Penjelajahan
Juan Sebastián Elcano akhirnya mengambil alih komando kapal Victoria, sementara Gonzalo Gómez de Espinosa menjadi nakhoda kapal Trinidad. Perjalanan dilanjutkan, meninggalkan Filipina pada Mei 1521 menuju barat, dan mencapai Kepulauan Maluku pada November 1521.
Di tempat inilah mereka menemukan surga rempah-rempah. Setelah mengisi penuh kapal dengan pala dan cengkeh, dua kapal yang tersisa memutuskan untuk berpisah karena Trinidad mengalami kebocoran dan harus diperbaiki terlebih dahulu. Mereka juga memutuskan untuk menempuh jalur pulang yang berbeda.
Kapal Victoria di bawah komando Juan Sebastián Elcano akan pulang ke Spanyol dengan berlayar ke barat melalui Samudra Hindia, sementara Trinidad akan mencoba kembali ke Spanyol dengan berlayar ke timur melintasi Samudra Pasifik.
Sayangnya, karena kerusakan yang parah, Trinidad tidak bisa diperbaiki lagi dan krunya tertangkap oleh kapal Portugis. Sementara itu, kapal Victoria memulai perjalanan pulangnya pada tanggal 21 Desember 1521 di bawah komando Elcano.
Victoria berlayar ke barat daya melalui Kepulauan Melayu dengan 60 orang di dalamnya, termasuk 13 penduduk asli Pulau Maluku. Pada bulan Februari, Elcano telah memasuki Samudra Hindia, mencetak prestasi bahari terbesar dalam sejarah. Itulah pertama kalinya orang Eropa menyeberangi perairan yang sangat luas ini.