Enny lahir di Pangkal Pinang pada tanggal 27 Juni 1962. Ia menyelesaikan pendidikan sarjana di Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada (UGM) pada tahun 1981, kemudian melanjutkan pendidikan magister di bidang Hukum Tata Negara di Universitas Padjadjaran Bandung pada tahun 1995, dan meraih gelar doktor di Ilmu Hukum dari Fakultas Hukum UGM pada tahun 2005.
Sebelum memulai karirnya sebagai hakim di MK, Enny Nurbaningsih merupakan seorang akademisi. Ia juga memiliki gelar Guru Besar Ilmu Hukum dari UGM. Pada tahun 1998, Enny bersama dengan Ketua MK periode 2008-2013, Mahfud MD, mendirikan Parliament Watch.
Enny juga memiliki pengalaman sebagai Kepala Badan Pembinaan Hukum Nasional (BPHN) yang berada di bawah lingkup eksekutif. Selain menjabat sebagai hakim konstitusi, Enny juga bertugas sebagai juru bicara MK.