Diketahui, pasca proses pembangunannya sempat mangkrak beberapa tahun, operasional masjid ini sempat ditutup sementara sekitar enam tahun.
Sejak akhir tahun 2022 kemarin, masjid yang berada di kawasan Alun-alun Kota Bogor dan Stasiun KA Bogor itu akhirnya kembali dapat digunakan jamaah untuk beribadah, walau masih belum selesai 100 persen pembangunannya.
Saat ini masjid yang berada di jalan Nyi Raja Permas, Kecamatan Bogor Tengah itu baru memfungsikan lantai satu saja. Sementara di lantai duanya belum dapat difungsikan untuk jamaah untuk beribadah, lantaran lantainya belum terpasang granit.
Dengan menggelontorkan anggaran Rp36 miliar, tahun 2023 ini disebut menjadi proses finishing atau tahapan terakhir penyelesaian pembangunan Masjid Agung Kota Bogor. Pada tahapan ini akan menuntaskan interior bangunan dalam masjid serta mempercantik fasad depan masjid yang akan dikoneksikan dengan Alun-alun Kota Bogor.